1.首先要排除琼脂糖凝胶配制的是否正确，如果齿孔不规则或残余凝胶颗粒则会使条带不规则；
2.检查电泳槽的电极是否出现移位、歪斜；
3.考虑更换电泳缓冲液；
4.电压不要太高，否则凝胶会受热。此外，跑出漂亮的琼脂糖电泳照片我有2个经验供参考：1.琼脂糖凝胶配好后在在槽子里先空跑十几分钟然后断电放置备用；2.老式槽子放凝胶位置的下方有一水箱，往里充入凉水，电泳时可降低凝胶的温度放置DNA条带变形。
区别为：支持介质不同、用途不同、优势不同。
一、支持介质不同
1、聚丙烯酰胺凝胶电泳：是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质的一种常用电泳技术
2、琼脂糖凝胶电泳：是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法
二、用途不同
1、聚丙烯酰胺凝胶电泳：用于分离蛋白质和寡核苷酸
2、琼脂糖凝胶电泳：用于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等
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三、优势不同
1、聚丙烯酰胺凝胶电泳：有较高的分辨率
2、琼脂糖凝胶电泳：它制备容易，分离范围广
1.凝胶浓度高了容易起泡,尤其是劣质琼脂糖（浓度1-2%就可以）
2.如果要用高浓度的话，可以试试趁胶还热的时候,用小药勺之类的东西把起泡赶到边缘后挑起
3.刚加热完是有小气泡的,稍微静置一下,等气泡都消了,再倒进电泳槽
4.如果静置到有点凝固了还是有气泡的话,说明你加热的时间不够,没有完全融化
琼脂糖均匀度不够，DNA迁移速率有差异，条带不好看，照相不清晰。