1、酶失活或在反应体系中未加入酶。Taq DNA 聚合酶因保存或运输不当而失活，往往通过更换新酶或用另一来源的酶以获得满意的结果。
2、模板含有杂质。特别是对甲醛固定及石蜡包埋的组织常含甲酸，造成 DNA 脱嘌呤而影响 PCR 的结果。
1.首先要排除琼脂糖凝胶配制的是否正确,如果齿孔不规则或残余凝胶颗粒则会使条带不规则;
2.检查电泳槽的电极是否出现移位、歪斜;
3.考虑更换电泳缓冲液;
4.电压不要太高,否则凝胶会受热。
小分子先跑出来
应该是小分子条带离点样孔越远 而大分子离点样孔的距离近
但是 估计你拍照的时候是倒着看的 所以。。。
不知道你跑的是什么，如果是纯质粒的话3条带太正常了，一般纯一点浓度高一点的跑胶出来就是3条带，分别是闭合、开环、线性的质粒，如果是酶切后的3条，先看一下几个酶切的、在查一下图谱，看该位点在质粒中出现了几次，一般的工具质粒是不会同一位点出现2次以上的，但往往插入片段可能带有同位点。
当然也有可能酶切不彻底。
1.凝胶浓度高了容易起泡,尤其是劣质琼脂糖（浓度1-2%就可以）
2.如果要用高浓度的话，可以试试趁胶还热的时候,用小药勺之类的东西把起泡赶到边缘后挑起
3.刚加热完是有小气泡的,稍微静置一下,等气泡都消了,再倒进电泳槽
4.如果静置到有点凝固了还是有气泡的话,说明你加热的时间不够,没有完全融化
琼脂糖均匀度不够，DNA迁移速率有差异，条带不好看，照相不清晰。