1.条带模糊
有几个可能原因：DNA在某一步骤中已被降解，实验过程中要避免核酸 酶的污染
DNA上样量过多，导致“超载”。应减少凝胶中DNA上样量
电泳设置条件不合理。电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30；巨大DNA链电泳，温度应＜15
缓冲液失效，检查缓冲液是否有足够的缓冲能力
2.DNA条带弱或者没有DNA带
DNA上样量不够,增加DNA的上样量;
DNA走出凝胶,缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度;
对于EB染色的DNA，所用光源不合适,应用短波长（254nm）的紫外光源
3.DNA带缺失
分子大小相近的DNA带不宜分辨,增加电泳时间，核准正确的凝胶浓度;
DNA链巨大，常规琼脂糖凝胶电泳不合适,可以尝试在脉冲凝胶电泳上分析。
1.首先要排除琼脂糖凝胶配制的是否正确，如果齿孔不规则或残余凝胶颗粒则会使条带不规则；
2.检查电泳槽的电极是否出现移位、歪斜；
3.考虑更换电泳缓冲液；
4.电压不要太高，否则凝胶会受热。此外，跑出漂亮的琼脂糖电泳照片我有2个经验供参考：1.琼脂糖凝胶配好后在在槽子里先空跑十几分钟然后断电放置备用；2.老式槽子放凝胶位置的下方有一水箱，往里充入凉水，电泳时可降低凝胶的温度放置DNA条带变形。