1、功能和种类有区别。
日本酱油和中国酱油最大的区别，本质是上饮食习惯的区别，所以在艺上也有区别。日本喜冷食，吃寿司、海鲜，所以酱油的主要功能在于适合点蘸。而中国人的饮食习惯在于炒、焖、煮等热闹场面，所以中国的酱油更适合炒、焖，煮等各种功能，所以中国酱油的种类对比日本酱油更丰富，比如适合炒的生抽、适合焖和上色的老抽、适合点蘸的味极鲜等。日本最有代表性的是“万字酱油”。
2、原材料和工艺都差不多。
曾经有看过一本日本国内书，上面有介绍过日本酱油的起源和酿造工艺，其描述如下：酿造酱油是先将大豆、小麦等植物原料进行加热处理，使其繁殖曲菌之后在食盐水中发酵的一种成熟的东洋独特的发酵调味品，其原型可以追朔到3,000年前的现在使用的酱油原料依然是大豆、小麦、水、食盐4种。日本每年进口近500万吨的大豆，其中大约有八成用于酿造酱油。
现在作为酿造酱油的原料使用的大豆大部分为榨油后的脱脂加工大豆，每年大约需要18万吨多。作为酱油原料直接使用的圆大豆的量虽然比较少，但是最近也在增加，已经超过25,000吨（1992年）。
因此，日本酿造酱油所使用的原料，和中国一样，也主要是大豆。在工艺上，目前日本酱油主要采取的是高盐稀态发酵，高盐稀态发酵生产的酱油不仅具有酱香、脂香浓郁，滋味鲜美醇厚等特点，而且更安全、更卫生。但资金投入大，技术含量高，所以一般国内像海天、李锦记这种品牌企业才采用高盐稀态发酵的工艺。
、在制作成本上，中国的大多数都是配制酱油，酿造酱油很少，而日本多数都是酿造的酱油。 酿造酱油也比配制的是要贵一些的，因为酿造过程比较繁琐，占用时间和人力物力，成本才会比较高。而中国酱油和日本酱油的区别也在于这里，整体上来说，是日本酱油口味会更好一点，因为中国的优质酱油中的氨基酸胎含量低于日本酱油。所以同样是酿造酱油，外国厨师们都喜欢选择日本酱油。
在酿造时间上，日本酱油的酿造时间也比较长，工序复杂，口感自然也会更好。中国的酱油也在不断改进的过程当中，希望口感能越来越好，做出优质的纯酿造中国酱油，赶超日本酱油。在日常生活中，做菜的过程中，必不可少的那就是调味料了，可以根据自己的口味，酌量添加，做出符合自己口味的菜肴。酿造原料不同，由高盐稀态发酵而成的日本酱油，闻起来更加的香醇深厚，质量也会更好，也更有营养。而中国的酱油是由低盐稀态发酵而成，高盐含量较低，且制作时间较短，味道自然不如日本酱，这也是为什么日本酱油比中国酱油高级的原因？所以很多懂酱油的外国厨师都自然会选择味道更好的日本酱油了。